Le programme ISIS2XML permet d’exporter le contenu d’une base ISIS au format XML vers un ou plusieurs fichiers résultats. La structure XML doit être définie par l’utilisateur sous la forme d’un "arbre". Les différentes "feuilles" de l’arbre XML créé représentent une "balise" XML ou un "attribut" de balise. L’arbre une fois créé, peut être sauvegardé dans un "modèle" pour pouvoir le réutiliser ultérieurement. Deux arbres automatiques peuvent être utilisés pour générer rapidement une structure d’export (modèles générés HTML et XML).

La procédure d’extraction s’effectue sur l’ensemble de la base ISIS traitée. Les fiches extraites sont stockées dans :

 Un fichier résultat unique. Dans ce cas une balise "générique" regroupant l’ensemble des fiches doit être déclarée dans l’onglet Options de traitement du programme (par défaut cette balise est égale à <BASE NOM="[nom de la base]>....</BASE>).
 Un fichier différent pour chaque fiche extraite. Les noms des fichiers générés sont composés de la MFN de la fiche ou de son Rang dans le fichier.